Clinico-pathological assessment of virulent Newcastle Disease Virus in ducks / Avaliação clínico-patológica do Vírus da Doença de Newcastle em patos

Abstract Newcastle disease (ND) is an infectious, highly contagious and lethal disease of avian species. It is considered that ducks are natural reservoir or carrier for Newcastle disease virus (NDV) and are resistant against different strains of NDV. Current study was designed to evaluate the pathogenesis of Newcastle disease in domestic ducks through histopathology, immunohistochemistry (IHC) and serum biochemical changes. For this purpose, eighty ducks were reared for 42 days and divided in two groups A and B. Ducks in group A were challenged with (NDV) at rate of 0.1 ml of ELD50 (virus titer 107.32/100µl) on second week of age, whereas Group B was control negative. Splenomegaly, atrophy of thymus and necrotic lesion in kidney were observed on 9th day of post infection. Hepatic degeneration and mononuclear cell infiltration were noticed in proventriculus and intestine in challenged ducks. Viral antigen detected in lungs, intestine, proventriculus and lymphoid organs of infected ducks through IHC. Albumin and total protein values were significantly low in infected groups A as compared to control group B. ALT, AST, and ALP values were significantly high in infected group A. On 5th and 7th day of post infection oropharyngeal swabs were negative for NDV and cloacal swabs were positive for NDV through Reverse transcriptase polymerase chain reaction. It is concluded that ducks are susceptible to NDV and virulent strain of NDV caused disease in ducks.

Resumo A doença de Newcastle (DN) é uma doença infecciosa, altamente contagiosa e letal de espécies aviárias. Considera-se que os patos são reservatórios ou portadores naturais do vírus da doença de Newcastle (VDN) e são resistentes a diferentes cepas de VDN. O presente estudo foi desenvolvido para avaliar a patogênese da DN em patos domésticos por meio de histopatologia, imuno-histoquímica (IHQ) e alterações bioquímicas séricas. Para este propósito, 80 patos foram criados por 42 dias e divididos em dois grupos A e B. Os patos do grupo A foram submetidos ao VDN a uma taxa de 0,1 ml de ELD50 (título viral de 107,32 / 100 µl) na segunda semana de idade, enquanto o Grupo B foi controle negativo. Esplenomegalia, atrofia do timo e lesão necrótica no rim foram observadas no 9º dia pós-infecção. Degeneração hepática e infiltração de células mononucleares foram observadas no proventrículo e intestino em patos infectados. Antígeno viral foi detectado em pulmões, intestino, proventrículo e órgãos linfoides de patos infectados por IHQ. Os valores de albumina e proteína total foram significativamente baixos no grupo A infectado em comparação com o grupo B. Os valores de ALT, AST e ALP foram significativamente altos no grupo A. No 5º e no 7º dia após a infecção, os esfregaços orofaríngeos foram negativos para VDN, enquanto os esfregaços cloacais foram positivos para VDN por meio da reação em cadeia da polimerase via transcriptase reversa. Conclui-se que os patos são suscetíveis ao VDN e à cepa virulenta de VDN que causou doenças em patos.

Role of the IL8 rs4073 polymorphism in central nervous system toxicity in patients receiving multidrug-resistant tuberculosis treatment / Papel do polimorfismo rs4073 do gene IL8 na toxicidade do sistema nervoso central em pacientes em tratamento para tuberculose multirresistente

ABSTRACT Objective: To determine the role of the IL8 rs4073 polymorphism in predicting the risk of central nervous system (CNS) toxicity in patients receiving standard pharmacological treatment for multidrug-resistant tuberculosis (MDR-TB). Methods: A cohort of 85 consenting MDR-TB patients receiving treatment with second-line antituberculosis drugs had their blood samples amplified for the IL8 (rs4073) gene and genotyped. All patients were clinically screened for evidence of treatment toxicity and categorized accordingly. Crude and adjusted associations were assessed. Results: The chief complaints fell into the following categories: CNS toxicity; gastrointestinal toxicity; skin toxicity; and eye and ear toxicities. Symptoms of gastrointestinal toxicity were reported by 59% of the patients, and symptoms of CNS toxicity were reported by 42.7%. With regard to the genotypes of IL8 (rs4073), the following were identified: AA, in 64 of the study participants; AT, in 7; and TT, in 11. A significant association was found between the dominant model of inheritance and CNS toxicity for the crude model (p = 0.024; OR = 3.57; 95% CI, 1.18-10.76) and the adjusted model (p = 0.031; OR = 3.92; 95% CI, 1.13-13.58). The AT+TT genotype of IL8 (rs4073) showed a 3.92 times increased risk of CNS toxicity when compared with the AA genotype. Conclusions: The AT+TT genotype has a tendency to be associated with an increased risk of adverse clinical features during MDR-TB treatment.

RESUMO Objetivo: Determinar o papel do polimorfismo rs4073 do gene IL8 na previsão do risco de toxicidade do sistema nervoso central (SNC) em pacientes em tratamento farmacológico padrão para tuberculose multirresistente (TBMR). Métodos: Amostras de sangue de uma coorte de 85 pacientes com TBMR que assinaram um termo de consentimento livre e esclarecido e que estavam recebendo tratamento com medicamentos antituberculosos de segunda linha foram amplificadas para o gene IL8 (rs4073) e genotipadas. Todos os pacientes foram avaliados clinicamente quanto a evidências de toxicidade do tratamento e categorizados de acordo com os achados. Foram avaliadas as associações brutas e ajustadas. Resultados: As principais queixas enquadraram-se nas seguintes categorias: toxicidade do SNC; toxicidade gastrointestinal; toxicidade cutânea; e toxicidade ocular e ototoxicidade. Sintomas de toxicidade gastrointestinal foram relatados por 59% dos pacientes, e sintomas de toxicidade do SNC foram relatados por 42,7%. Foram identificados os seguintes genótipos de IL8 (rs4073): AA, em 64 dos participantes; AT, em 7; TT, em 11. Houve associação significativa entre o modelo dominante de herança e toxicidade do SNC no modelo bruto (p = 0,024; OR = 3,57; IC95%: 1,18-10,76) e no ajustado (p = 0,031; OR = 3,92; IC95%: 1,13-13,58). O genótipo AT+TT do gene IL8 (rs4073) apresentou risco 3,92 vezes maior de toxicidade do SNC que o genótipo AA. Conclusões: O genótipo AT+TT tende a se associar a um maior risco de características clínicas adversas durante o tratamento da TBMR.

Corneal transplantation and concomitant SARS-CoV-2 infection: a case report / Transplante de córnea e infecção concomitante por SARS-CoV-2: relato de caso

ABSTRACT This report was aimed at presenting a case of neurotrophic keratitis and concomitant SARS-CoV-2 infection in a patient who has recently undergone a corneal DALK transplant. One month after corneal transplantation with adequate corneal epithelialization, the patient presented neurotrophic keratitis with a torpid course of the corneal transplant coinciding with a SARS-CoV-2 infection, with an excessive host immune response. In addition, the patient presented a re-positivization of nasopharyngeal polymerase chain reaction of SARS-CoV-2 with past disease after starting treatment with autologous serum eye drops. The implications at the ophthalmological level of SARS-CoV-2 infection may be clarified as the time the illness progresses and we learn more about how it acts. In this case, the disparity of signs and symptoms, the antecedent of corneal surgery, and the possibility of a herpetic infection as a cause of the primary leukoma suggested neurotrophic keratitis. Nonetheless, the involvement of systemic SARS-CoV-2 infection in the process, triggering an excessive host immune response at the corneal level with an increase in inflammatory cytokines must be taken into account. No relationship was found between treatment with autologous serum and re-positivization of nasopharyngeal polymerase chain reaction, presenting the patient a favorable response to treatment.

RESUMO O objetivo deste relato foi apresentar um caso de ceratite neurotrófica e infecção concomitante por SARS-CoV-2 em paciente submetido recentemente a transplante de córnea DALK. Um mês após o transplante de córnea com adequada epitelização da córnea, o paciente apresentou ceratite neurotrófica com curso tórpido do transplante de córnea, coincidindo com infecção por SARS-CoV-2, com resposta imune excessiva do hospedeiro. Além disso, o paciente apresentou repositivização da reação em cadeia da polimerase nasofaríngeo de SARS-CoV-2, com doença pregressa após iniciar tratamento com colírio de soro autólogo. As implicações a nível oftalmológico da infecção por SARS-CoV-2, podem ser esclarecidas à medida que a doença progride e aprendemos mais sobre sua forma de atuação. Neste caso, a disparidade de sinais e sintomas, o antecedente de cirurgia de córnea e a possibilidade de infecção herpética como causa do leucoma primário sugeriram ceratite neurotrófica. No entanto, deve-se levar em consideração o envolvimento da infecção sistêmica por SARS-CoV-2 no processo, desencadeando uma resposta imune excessiva do hospedeiro no nível da córnea, com aumento de citocinas inflamatórias. Não foi encontrada relação entre o tratamento com soro autólogo e a repositivização da reação em cadeia da polimerase nasofaríngea, apresentando ao paciente uma resposta favorável ao tratamento.

Clinico-pathological assessment of virulent Newcastle Disease Virus in ducks

Abstract Newcastle disease (ND) is an infectious, highly contagious and lethal disease of avian species. It is considered that ducks are natural reservoir or carrier for Newcastle disease virus (NDV) and are resistant against different strains of NDV. Current study was designed to evaluate the pathogenesis of Newcastle disease in domestic ducks through histopathology, immunohistochemistry (IHC) and serum biochemical changes. For this purpose, eighty ducks were reared for 42 days and divided in two groups A and B. Ducks in group A were challenged with (NDV) at rate of 0.1 ml of ELD50 (virus titer 107.32/100µl) on second week of age, whereas Group B was control negative. Splenomegaly, atrophy of thymus and necrotic lesion in kidney were observed on 9th day of post infection. Hepatic degeneration and mononuclear cell infiltration were noticed in proventriculus and intestine in challenged ducks. Viral antigen detected in lungs, intestine, proventriculus and lymphoid organs of infected ducks through IHC. Albumin and total protein values were significantly low in infected groups A as compared to control group B. ALT, AST, and ALP values were significantly high in infected group A. On 5th and 7th day of post infection oropharyngeal swabs were negative for NDV and cloacal swabs were positive for NDV through Reverse transcriptase polymerase chain reaction. It is concluded that ducks are susceptible to NDV and virulent strain of NDV caused disease in ducks.

Resumo A doença de Newcastle (DN) é uma doença infecciosa, altamente contagiosa e letal de espécies aviárias. Considera-se que os patos são reservatórios ou portadores naturais do vírus da doença de Newcastle (VDN) e são resistentes a diferentes cepas de VDN. O presente estudo foi desenvolvido para avaliar a patogênese da DN em patos domésticos por meio de histopatologia, imuno-histoquímica (IHQ) e alterações bioquímicas séricas. Para este propósito, 80 patos foram criados por 42 dias e divididos em dois grupos A e B. Os patos do grupo A foram submetidos ao VDN a uma taxa de 0,1 ml de ELD50 (título viral de 107,32 / 100 µl) na segunda semana de idade, enquanto o Grupo B foi controle negativo. Esplenomegalia, atrofia do timo e lesão necrótica no rim foram observadas no 9º dia pós-infecção. Degeneração hepática e infiltração de células mononucleares foram observadas no proventrículo e intestino em patos infectados. Antígeno viral foi detectado em pulmões, intestino, proventrículo e órgãos linfoides de patos infectados por IHQ. Os valores de albumina e proteína total foram significativamente baixos no grupo A infectado em comparação com o grupo B. Os valores de ALT, AST e ALP foram significativamente altos no grupo A. No 5º e no 7º dia após a infecção, os esfregaços orofaríngeos foram negativos para VDN, enquanto os esfregaços cloacais foram positivos para VDN por meio da reação em cadeia da polimerase via transcriptase reversa. Conclui-se que os patos são suscetíveis ao VDN e à cepa virulenta de VDN que causou doenças em patos.

Performance of the tetra-primer PCR technique compared to PCR-RFLP in the search for rs12979860 (C/T) and rs8099917 (T/G) single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the IFNL4 gene / Desempenho da técnica tetra-primer PCR em relação a PCR-RFLP na pesquisa de polimorfismos de nucleotídeos únicos (SNPs) rs12979860 (C/T) e rs8099917 (T/G) no gene IFNL4

Single nucleotide polymorphisms (SNPs, rs12979860 e rs8099917) in the Interferon Lambda 4 gene (IFNL4, formerly IFNL3and/or IL28B) has been associated with failure in the innate immune response, sustained virological response in hepatitis C, and HTLV-1-associated myelopathy (HAM) development. To search for these polymorphisms several methodologies can be employed, such as sequencing, real-time or quantitative polymerase chain reaction (qPCR), restriction fragment length polymorphism analysis in PCR products (PCR-RFLP), and tetra-primer PCR. The present study compared the performance of the tetra-primer PCR in relation to the PCR-RFLP, both optimized in the Research HTLV Laboratory of the Center of Immunology of Instituto Adolfo Lutz in São Paulo. One hundred DNA samples obtained from patients of STD/Aids Reference Centre in São Paulo, previously analyzed for IL28B SNPs by PCR-RFLP were selected for analysis, after confirming that they represent all IL28B SNPs patterns described in the literature. The results obtained showed concordance between the PCR-RFLP and the tetra-primer PCR SNPs results, and because of the low cost, easy to perform, and minor employment of biological specimen and reagents, the tetra-primer PCR is of choice to be used in routine. (AU)

Polimorfismos de nucleotídeos únicos (single nucleotide polymorphisms, SNPs rs12979860 e rs8099917) no gene que codifica o Interferon Lambda 4 (IFNL4, antigamente IFNL3 e/ou IL28B) têm sido associados às falhas na resposta imune inata e resposta virológica sustentada na hepatite C, e a mielopatia associada ao HTLV-1 (HTLV-1-associated myelopathy, HAM). A pesquisa destes polimorfismos pode empregar diversas metodologias: sequenciamento, reação em cadeia da polimerase em tempo real ou quantitativa (quantitative polymerase chain reaction, qPCR), análise de fragmentos de restrição enzimática em produtos de PCR (restriction fragment length polymorphism in PCR products, PCR-RFLP) e a tetra-primer PCR. Este estudo comparou o desempenho da tetra-primer PCR em relação a PCR-RFLP, ambas otimizadas no Laboratório de Pesquisa em HTLV do Centro de Imunologia do Instituto Adolfo Lutz de São Paulo. Foram selecionadas 100 amostras de DNA obtidas de pacientes do Centro de Referência e Treinamento em DST/Aids de São Paulo cujos SNPs na IL28B foram anteriormente determinados por PCR-RFLP e representaram todos os perfis descritos em literatura. Os resultados obtidos mostraram concordância entre elas, e pelo fato da tetra-primer PCR ter menor custo, ser de fácil execução, empregar menos tempo, insumos e material biológico, é a técnica de escolha para uso em rotina. (AU)

Use of Schirmer strips and conjunctival swabs for virus detection on the ocular surface of adults: a scoping review / Fitas de Schirmer e swab conjunctival para detecção de vírus na superfície ocular de adultos: scoping review

ABSTRACT Schirmer strips and conjunctival swabs are used in ophthalmology for the collection of tears and fluids. One of the biggest challenges during the COVID-19 pandemic has been accurate diagnosis and, in some cases, ocular manifestations are among the first symptoms. In this context, this study aimed to collect evidence to support the use of Schirmer strips and conjunctival swabs as a method of sample collection for viral analysis. A literature search was conducted following the Scoping Review protocol defined by The Joanna Briggs Institute. Studies were analyzed regarding virus research, collection methods, and sample analysis. The findings support that viruses can be detected on the ocular surface through analysis of Schirmer strips and conjunctival swabs. However, additional studies with larger samples and time data are necessary to confirm these conclusions.

RESUMO A fita de Schirmer e o swab conjunctival são utilizados na oftalmologia como métodos de coleta para lágrimas e fluidos. Durante a pandemia da COVID-19, um dos desafios foi o diagnóstico correto e se sabe que, em alguns casos, as manifestações oculares podem ser um dos primeiros sintomas. Nesse contexto, este estudo tem como objetivo levantar evidência que destaque o uso de fitas de Schirmer e de swabs conjuntivais como método de coleta para análise viral. Conduziu-se uma revisão de literatura seguindo o protocolo para Scoping Review definido pelo Joanna Briggs Institute. Os pesquisadores analisaram os estudos em busca do vírus pesquisado, os métodos de coleta e os métodos de análise. Vírus podem ser detectados na superfície ocular através da análise de fitas de Schirmer e de swabs conjuntivais, entretanto novos estudos com populações maiores e com definições claras de tempo são necessários para conclusões mais assertivas no tema.

Tumor markers expression levels in gastric cancer patient's peripheral blood by rt-pcr assessment / Avaliação por rt-pcr de expressão de marcadores tumorais em sangue periférico de pacientes com câncer gástrico

ABSTRACT BACKGROUND: Hematological recurrence is the second most frequent cause of failure in the treatment of gastric cancer. The detection of circulating tumor markers in peripheral blood by quantitative reverse transcriptase polymerase chain reaction (qRT-PCR) method may be a useful tool to predict recurrence and determine the patient's prognosis. However, no consensus has been reached regarding the association between the tumor markers level in peripheral blood and its impact on patient survival. AIMS: To evaluate the expression of the circulating tumor markers CK20 and MUC1 in peripheral blood samples from patients with gastric cancer by qRT-PCR, and to verify the association of their expression levels with clinicopathological characteristics and survival. METHODS: A total of 31 patients with gastric adenocarcinoma were prospectively included in this study. CK20 and MUC1 expression levels were analyzed from peripheral blood by the qRT-PCR technique. RESULTS: There was no statistically significant (p>0.05) association between CK20 expression levels and clinical, pathological, and surgical features. Higher MUC1 expression levels were associated with female patients (p=0.01). There was a correlation between both gene levels (R=0.81, p<0.001), and CK20 level and tumor size (R=0.39, p=0.034). CONCLUSIONS: CK20 and MUC1 expression levels could be assessed by qRT-PCR from total peripheral blood samples of patients with gastric cancer. CK20 levels were correlated to MUC1 levels as well as to tumor size. There was no difference in disease-free survival and overall survival regarding both genetic markers expression in this series.

RESUMO RACIONAL: A recorrência hematológica é a segunda causa mais frequente de falha no tratamento do câncer gástrico. A detecção de marcadores tumorais circulantes no sangue periférico, pelo método de reação em cadeia da polimerase de transcrição reversa quantitativa (qRT-PCR) pode ser uma ferramenta útil para prever a recorrência e determinar o prognóstico do paciente. No entanto, ainda não foi alcançado consenso em relação à associação entre o nível de marcadores tumorais circulantes no sangue periférico e seu impacto na sobrevida do paciente. OBJETIVOS: Avaliar a expressão de CK20 e MUC1 em amostras de sangue periférico de pacientes com câncer gástrico por meio de qRT-PCR e verificar a associação dos níveis de expressão com características clinicopatológicas e sobrevida. MÉTODOS: Trinta e um pacientes com adenocarcinoma gástrico foram incluídos, prospectivamente. Os níveis de expressão de CK20 e MUC1 foram analisados a partir de sangue periférico por meio de qRT-PCR. RESULTADOS: Não houve associação estatisticamente significativa (p>0,05) entre os níveis de expressão de CK20 com características clínicas, patológicas e cirúrgicas. Níveis mais elevados de expressão de MUC1 estavam associados a pacientes do sexo feminino (p=0,01). Houve correlação entre os níveis de ambos os genes (R=0,81, p<0,001), nível de CK20 e tamanho do tumor (R=0,39, p=0,034). CONCLUSÕES: Os níveis de CK20 e MUC1 podem ser avaliados por qRT-PCR a partir de amostras de sangue periférico total de pacientes com câncer gástrico, os níveis de CK20 estavam correlacionados com os de MUC1, assim como tamanho do tumor. Não houve diferença de sobrevida global ou livre de doença em relação à expressão de ambos marcadores genéticos nesta série.

Prevalence of Ehrlichia canis and Hepatozoon canis in sheltered dogs in southern Aburrá Valley, Colombia

Background: Bacteria of the Anaplasmataceae family and canine hemoparasitic protozoans transmitted by ticks are common in Colombia due to circulation and biological adaptation of vector Rhipicephalus sanguineus sensu lato (s.l.). Objective: To detect the circulation of Ehrlichia canis and Hepatozoon canis in sheltered dogs in three municipalities in southern Aburrá Valley, province of Antioquia, Colombia. Methods: Primers were used to amplify the 16S rRNA associated with the Anaplasmataceae family, dsb for Ehrlichia sp. and 18S rRNA for Hepatozoon sp. Results: Of the 357 samples of venous blood obtained, representing all the sheltered dogs in the study zone, Ehrlichia canis DNA was detected in 2.2% of individuals, showing identity of 100% with previous sequences from the GenBank. Hepatozoon canis showed 8.7% (31/357) prevalence of infection, with 100% identity to genotypes from Japan, Brazil, and Spain. Only one sequence of H. canis exhibited a phylogenic divergence concerning H. canis previously reported in Brazil and the Old World. Conclusions: This study confirms the circulation of E. canis and H. canis in asymptomatic shelter dogs in the south-central zone of the Aburrá Valley, province of Antioquia, Colombia. The present study is the first molecular detection of H. canis in the Province of Antioquia and the third report of canine hepatozoonosis from Colombia, highlighting the importance of considering this agent in veterinary clinic.

Antecedentes: Los agentes patógenos transmitidos por garrapatas, tales como las bacterias de la familia Anaplasmataceae y los protozoos hemoparasitarios caninos, son comunes en Colombia debido a la circulación y la adaptación biológica del vector Rhipicephalus sanguineus sensu lato (s.l.). Objetivo: Detectar la circulación de Ehrlichia canis y Hepatozoon canis en perros protegidos en tres municipios del sur del Valle de Aburrá, departamento de Antioquia, Colombia. Métodos: Se usaron cebadores para amplificar el gen 16S rRNA asociado con la familia Anaplasmataceae y el gen dsb para Ehrlichia sp. y el 18S rRNA para Hepatozoon sp. Resultados: De las 357 muestras de sangre venosa obtenidas, que representan a todos los perros de albergues en la zona de estudio, 2,2% fueron positivas para Ehrlichia canis, con 100% de identidad con secuencias anteriores publicadas en todo el mundo. Hepatozoon canis mostró una prevalencia de infección del 8,7% (31/357), con una identidad del 100% con genotipos de Japón, Brasil y España. Solo una secuencia de H. canis exhibió divergencia filogénica en relación con H. canis previamente reportada en Brasil y el Viejo Mundo. Conclusiones: Este estudio confirma la circulación de E. canis y H. canis en perros asintomáticos de albergues en la zona centro-sur del Valle de Aburrá, departamento de Antioquia, Colombia. El presente estudio es la primera detección molecular en el Departamento de Antioquia y el tercer reporte de hepatozoonosis canina de Colombia destacando la importancia de considerar este agente en la clínica veterinaria.

Antecedentes: Agentes patogênicos transmitidos por carrapatos, como bactérias da família Anaplasmataceae e protozoários hemoparasitários caninos, são comuns na Colômbia devido à circulação e adaptação biológica do vetor Rhipicephalus sanguineus sensu lato (s.l.). Objetivo: Detectar Ehrlichia canis e Hepatozoon canis em cães abrigados em três municípios do sul do vale de Aburrá, departamento de Antioquia, Colômbia. Métodos: Os primers foram utilizados para amplificar o rRNA 16S associado à família Anaplasmataceae, o dsb para Ehrlichia sp. e o rRNA 18S para Hepatozoon sp. Resultados: Das 357 amostras de sangue venoso obtidas, representando todos os cães abrigados na zona de estudo, 2,2% foram positivas para Ehrlichia canis, com 100% de identidade com sequências anteriores publicadas em todo o mundo. Hepatozoon canis mostrou uma prevalência de infecção de 8,7% (31/357), com 100% de identidade com genótipos do Japão, Brasil e Espanha. Apenas uma sequência de H. canis apresentou divergência filogênica em relação a H. canis previamente relatados no Brasil e no Velho Mundo. Conclusões: Este estudo confirma a circulação de E. canis e H. canis em cães de abrigo assintomáticos na zona centro-sul do vale de Aburrá, departamento de Antioquia, Colômbia. O presente estudo é a primeira detecção molecular no Departamento de Antioquia e o terceiro relato de hepatozoonose canina na Colômbia, destacando a importância de considerar este agente na clínica veterinária.

O papel dos polimorfismos genéticos na etiologia da endometriose / The role of genetic polymorphism in the etiology of endometriosis

O objetivo deste estudo é apresentar uma revisão atualizada sobre o papel dos polimorfismos genéticos na etiologia da endometriose. Trata-se de uma pesquisa bibliográfica feita no PubMed utilizando os descritores "polymorphism and endometriosis". Foram identificados 36 artigos e após aplicação dos critérios de inclusão foram selecionados 17 artigos para a amostra final. Os principais resultados foram: 1) cerca de 60% dos artigos foram publicados em 2019; 2) em 35,3% dos estudos o número de casos e controles investigados foi menor que 100; 3) a maioria dos trabalhos investigou de um a dois polimorfismos por gene; 4) a produção científica sobre endometriose é maior em países orientais; 5) houve heterogeneidade quanto aos periódicos onde os trabalhos foram publicados; 6) as principais técnicas para detecção de polimorfismos foi a PCR-RFLP e o PCR em tempo real, com frequências semelhantes. Em suma, os polimorfismos genéticos podem estar implicados na etiologia da endometriose.

The aim of this study is to present an updated review on the role of genetic polymorphisms in the etiology of endometriosis. This is a literature review made on PubMed using the descriptors "polymorphism and endometriosis". A total 36 articles were identified and, after applying the inclusion criteria, 17 articles were selected for the final sample. The main results were: 1) approximately 60% of the articles were published in 2019; 2) 35.3% of the studies investigated less than 100 cases and controls; 3) most studies investigated one to two polymorphisms per gene; 4) scientific production on endometriosis is higher in Eastern countries; 5) heterogeneity was observed regarding the journals where works were published; 6) the main techniques for detecting polymorphisms were PCR-RFLP and real-time PCR, with similar frequencies. In summary, it can be concluded that genetic polymorphisms may be implicated in the etiology of endometriosis.

Results of a sample-to-cutoff ratio using Abbott Architect rHTLV-I/II assay allow to predict detection of HTLV-1 and HTLV-2 proviral DNA by real-time PCR / Resultados da razão sinal da amostra sobre o cutoff da reação no ensaio Abbott Architect rHTLV-I/II permite prever a detecção de DNA proviral por PCR em tempo real

The present study aims to correlate the sample-to-cutoff ratios (S/CO) distributions of reactive results for HTLV-1/2 antibodies with the detection of proviral DNA in a population of blood donor candidates. It was carried out a retrospective data search of 632 HTLV-1/2 reactive samples, submitted to confirmatory testing from January 2015 to December 2019. Serological screening was performed by chemiluminescent microparticle immunoassay Architect rHTLV-I/II, whereas confirmatory testing was performed by in-house real-time polymerase chain reaction method. 496 out of 632 samples (78%) had undetectable HTLV-1/2 proviral DNA and 136 (22%) had detectable proviral DNA. HTLV infection was not confirmed in any individual for whom the S/CO ratio value was <4, and proviral DNA detection rates gradually escalated as S/CO ratio values increased. The sensitivity and predictive positive value found for the Architect rHTLV-I/II was 100% and 22%, respectively. The receiver operating characteristic (ROC) curve analysis showed that the optimal S/CO ratio value for predicting the presence of HTLV-1/2 was 18.11. High S/CO ratios were more associated with the detection of proviral DNA. The S/CO ratio value <4 suggests excluding true HTLV infection and the risk of blood transmission (AU).

O estudo tem como objetivo correlacionar às distribuições das razões sample-to-cutoff (S/CO) de resultados reagentes para anticorpos HTLV-1/2 com a detecção de DNA proviral em uma população de candidatos à doação de sangue. Realizou-se uma busca retrospectiva de dados de 632 amostras reagentes para HTLV-1/2 submetidas à testagem confirmatória entre janeiro de 2015 a dezembro de 2019. A triagem sorológica foi realizada pelo imunoensaio quimioluminescente de micropartículas Architect rHTLV-I/II, enquanto o teste confirmatório foi realizado pelo método de PCR em tempo real in-house. 496 de 632 amostras (78%) apresentaram DNA proviral indetectável e 136 (22%) apresentaram DNA proviral detectável. A infecção por HTLV não foi confirmada em nenhum indivíduo com valor de S/CO <4 e as taxas de detecção de DNA proviral escalonaram gradualmente à medida que as razões S/CO aumentaram. A sensibilidade e valor preditivo positivo encontrados para o Architect rHTLV-I/II foram 100% e 22%, respectivamente. Utilizando análise de curva ROC, o valor de razão S/CO ideal para predizer a presença de DNA proviral foi de 18,11. Razões S/CO elevadas foram mais associadas à detecção de DNA proviral. Em suma, o valor de S/CO <4 sugere a exclusão de infecção por HTLV e o risco de transmissão pelo sangue (AU).

Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) no diagnóstico complementar da toxoplasmose congênita: uma revisão bibliográfica / Polymerase Chain Reaction (PCR) in the complementary diagnosis of congenital toxoplasmosis: a bibliographic review

A toxoplasmose é uma doença de ampla distribuição geográfica, sendo um grave problema de saúde pública. A infecção primária durante a gravidez pode causar infecção congênita ao feto e gerar consequências graves. Neste contexto, a reação em cadeia da polimerase (PCR) é atualmente um dos métodos mais eficientes para investigação fetal em casos de suspeita de infecção. Portanto, o objetivo do presente estudo foi realizar uma revisão bibliográfica sobre a toxoplasmose congênita e seu diagnóstico molecular através da PCR. Para tanto, foram pesquisados artigos publicados no período de janeiro de 2010 a abril de 2021 em diferentes bases de dados usando os descritores "Reação em Cadeia da Polimerase", "Toxoplasma gondii" e "Toxoplasmose congênita". A partir da pesquisa, foi possível verificar que a combinação de métodos sorológicos com a realização da PCR, principalmente no líquido amniótico, constitui uma importante ferramenta para o diagnóstico antenatal e pós-natal da toxoplasmose congênita. Além disso, a PCR em tempo real parece não apresentar melhores resultados em comparação à PCR convencional. Não obstante, estudos voltados à padronização da técnica visando melhor sensibilidade são necessários, uma vez que o diagnóstico da toxoplasmose gestacional/congênita permite a implementação do tratamento a fim de minimizar as consequências da infecção ao neonato.

Toxoplasmosis is a disease of wide geographical distribution, being a serious public health concern. The primary infection during pregnancy may cause congenital infection of the infant and lead to serious consequences. In this context, the polymerase chain reaction (PCR) is currently one of the most efficient methods for fetal investigation in cases when infection is suspected. Therefore, the present study aimed to conduct a literature review on congenital toxoplasmosis and its molecular diagnosis by PCR. Thus, the research for papers published between January 2010 and April 2021 was conducted in different databases, using the terms "polymerase chain reaction", "Toxoplasma gondii" and "congenital toxoplasmosis". It was possible to verify that the combination of serological methods and PCR, mainly of the amniotic fluid, is a valuable tool the antenatal and post-natal diagnosis of congenital toxoplasmosis. Furthermore, real time PCR seems to have no better results in comparison to conventional PCR. Nevertheless, studies related to standardization of the technique aiming higher sensitivity are necessary since the diagnosis of gestational/congenital toxoplasmosis enables the treatment in order to minimize the consequences of the infection to the infant.

Troponina de alta sensibilidade no prognóstico de pacientes internados em terapia intensiva por COVID-19: um estudo de coorte longitudinal latino-americano / High-sensitivity troponin in the prognosis of patients hospitalized in intensive care for COVID-19: a Latin American longitudinal cohort study

RESUMO Objetivo: O presente estudo avaliou a prevalência da elevação da troponina e sua capacidade de prever a mortalidade em 60 dias em pacientes com COVID-19 internados em unidade de terapia intensiva. Metódos: Um estudo longitudinal prospectivo e unicêntrico foi realizado em uma coorte de pacientes em terapia intensiva devido a diagnóstico de COVID-19 confirmado, usando teste de reação em cadeia da polimerase em tempo real de maio a dezembro de 2020. Uma curva Característica de Operação do Receptor foi construída para predizer o óbito de acordo com o nível de troponina, calculando a área sob a curva e seus intervalos de confiança. Um modelo de risco proporcional de Cox foi gerado para relatar as razões de risco com intervalo de confiança de 95% e o valor de p para sua associação com mortalidade em 60 dias. Resultados: Foram incluídos 296 pacientes com taxa de mortalidade em 60 dias de 51%. A troponina foi positiva em 39,9% (29,6% versus 49,7% em sobreviventes e não sobreviventes, respectivamente). Foi encontrada área sob a curva de 0,65 (IC95% 0,59 - 0,71) para prever a mortalidade. O modelo univariado de Cox demonstrou razão de risco de 1,94 (IC95% 1,41 - 2,67) e p < 0,001, mas essa relação não se manteve no modelo de análise multivariado, no qual a razão de risco foi de 1,387 (IC95% 0,21 - 1,56) e o valor de p foi de 0,12. Conclusão: A elevação da troponina é frequentemente encontrada em pacientes em terapia intensiva para COVID-19. Embora seus níveis sejam maiores em pacientes que vão a óbito, nenhuma relação foi encontrada em um modelo de análise multivariado, o que indica que a troponina não deve ser utilizada como único marcador prognóstico de mortalidade nessa população.

ABSTRACT Objective: The current study assessed the prevalence of troponin elevation and its capacity to predict 60day mortality in COVID-19 patients in intensive care. Methods: A longitudinal prospective single-center study was performed on a cohort of patients in intensive care due to a COVID-19 diagnosis confirmed using real-time test polymerase chain reaction from May to December 2020. A Receiver Operating Characteristic curve was constructed to predict death according to troponin level by calculating the area under the curve and its confidence intervals. A Cox proportional hazards model was generated to report the hazard ratios with confidence intervals of 95% and the p value for its association with 60day mortality. Results: A total of 296 patients were included with a 51% 60-day mortality rate. Troponin was positive in 39.9% (29.6% versus 49.7% in survivors and non-survivors, respectively). An area under the curve of 0.65 was found (95%CI: 0.59 - 0.71) to predict mortality. The Cox univariate model demonstrated a hazard ratio of 1.94 (95%CI: 1.41 - 2.67) and p < 0.001, but this relationship did not remain in the multivariate model, in which the hazard ratio was 1.387 (95%CI: 0.21 - 1.56) and the p value was 0.12. Conclusion: Troponin elevation is frequently found in patients in intensive care for COVID-19. Although its levels are higher in patients who die, no relationship was found in a multivariate model, which indicates that troponin should not be used as an only prognostic marker for mortality in this population.

Anal High-risk HPV and Liquid-based Cytology of Immunocompetent Brazilian Women with Genital High-risk HPV / HPV de alto risco e citologia em meio líquido de canal anal de mulheres brasileiras imunocompetentes com HPV genital de alto risco

Abstract Objective The purpose of this study was to compare the frequency of the occurrence of high-risk human papillomavirus (HPV) and abnormal anal cytology in immunocompetent women with and without HPV-induced genital lesions. Methods This analytical cross-sectional, observational study was conducted between July 2017 and December 2018 in a specialized outpatient clinic of a tertiary hospital in Fortaleza, CE. Fifty-seven immunocompetent women with and without genital intraepithelial lesions were assessed; they were divided into two groups: group 1 was comprised of women with HPV-associated genital lesions (n=26), and group 2 was comprised of those without HPV-associated genital lesions (n=31). Samples for liquidbased cytology and high-risk DNA-HPV polymerase chain reaction real-time tests were collected from the cervix and anus. All cases were evaluated using high-resolution anoscopy; biopsies were performed when required. The Fisher exact and chi-squared tests were applied for consolidated data in the contingency table, and the Student ttest and Mann-Whitney U-test for independent variables. Results Anal high-risk HPV infections were more frequent in group 1 (odds ratio [OR], 4.95; 95% confidence interval [CI], 1.34-18.3; p=0.012), along with concomitant highrisk HPV infections in the uterine cervix and the anus (OR 18.8; 95% CI, 2.20-160; p<0.001). The incidence of high-risk cervical HPV infection was associated with highrisk anal HPV infection (OR, 4.95; 95% CI, 1.34-18.3; p=0.012). There was no statistical difference concerning abnormal anal cytology or anoscopy between the groups, and no anal intraepithelial lesion was found in either group. Conclusion Immunocompetent women with HPV-associated genital lesions and high-risk cervical HPV were more likely to have high-risk anal HPV.

Resumo Objetivo O objetivo deste estudo foi comparar a frequência de papilomavírus humano (HPV) de alto risco e citologia anal anormal em mulheres imunocompetentes com e sem lesões genitais induzidas por HPV. Métodos Este estudo transversal analítico e observacional foi realizado entre julho de 2017 e dezembro de 2018 em um ambulatório especializado de um hospital terciário em Fortaleza, CE. Cinquenta e sete mulheres imunocompetentes com e sem lesões intraepiteliais genitais foram avaliadas. Foram divididas em dois grupos: grupo 1, composto por mulheres com lesões genitais associadas ao HPV (n=26) e grupo 2, composto pormulheres sem lesões genitais associadas ao HPV (n=31). Amostras para citologia em meio líquido e testes de reação em cadeia da polimerase em tempo real para DNA-HPV de alto risco foram coletadas do colo do útero e do ânus. Todos os casos foram avaliados por anuscopia de alta resolução; sendo realizada biópsia quando necessária. Os testes exatos de Fisher e qui-quadrado foram aplicados para dados consolidados na tabela de contingência; o teste t de Student e o teste U de Mann-Whitney foram aplicados para variáveis independentes. Resultados As infecções anais por HPV de alto risco forammais frequentes no grupo 1 (razão de chances [RC], 4,95; intervalo de confiança [IC] de 95%, 1,34-18,3; p=0,012), assim como infecções concomitantes por HPV de alto risco em colo uterino e ânus (RC 18,8; IC de 95%, 2,20-160; p<0,001). A incidência de infecção de HPV cervical de alto risco foi associada à infecção de HPV anal de alto risco (RC, 4,95; IC de 95%, 1,34-18,3; p=0,012). Não houve diferença estatística em relação à citologia anal anormal ou anuscopia entre os grupos, e não houve caso de lesão intraepitelial anal em nenhum dos grupos. Conclusão Mulheres imunocompetentes com lesões genitais associadas ao HPV e com HPV cervical de alto risco foram mais propensas a ter HPV anal de alto risco.

Ultrasensitive molecular tests for Plasmodium detection: applicability in control and elimination programs and reference laboratories / Pruebas moleculares ultrasensibles para la detección de Plasmodium: aplicabilidad en los programas de control y eliminación y en los laboratorios de referencia / Testes moleculares ultra-sensíveis para detecção de Plasmodium: aplicabilidade em programas de controlo e eliminação e laboratórios de referencia

ABSTRACT Objective. To evaluate molecular tools to detect low-level parasitemia and the five species of Plasmodium that infect humans for use in control and elimination programs, and in reference laboratories. Methods. We evaluated 145 blood samples from patients who tested positive by nested polymerase chain reaction (nPCR), from asymptomatic individuals and from the WHO Global Malaria Programme/United Kingdom National External Quality Assessment Service. Samples were assayed using the genus-specific RealStar® Malaria PCR Kit 1.0 (alt-Gen; altona Diagnostics) and the RealStar® Malaria Screen & Type PCR Kit (alt-S&T; altona Diagnostics). The results from the molecular tests were compared with those from quantitative PCR (qPCR), nPCR and thick blood smear. Results. The levels of parasitemia ranged from 1 to 518 000 parasites/µL, depending on the species. Compared with nPCR, alt-S&T had a sensitivity of 100%, except for identifying P. falciparum, for which the sensitivity was 93.94%. All samples positive by alt-Gen were also positive by nPCR. When comparing alt-Gen to qPCR, the sensitivity was 100% for P. vivax, P. malariae and P. falciparum. For all Plasmodium species, the correlation between cycle threshold values of alt-S&T and alt-Gen compared with qPCR was significant (P < 0.0001, Spearman's test), with r = 0.8621 for alt-S&T and r = 0.9371 for alt-Gen. When all Plasmodium species were considered, there was a negative correlation between the level of parasitemia and real-time PCR cycle threshold values (P < 0.0001). In this study, only 2 of 28 samples from asymptomatic individuals were positive by thick blood smear; however, all 28 of these samples were positive by alt-S&T. Conclusions. The alt-Gen and alt-S&T assays are suitable for detecting submicroscopic infections for distinct epidemiological purposes, such as for use in surveys and reference laboratories, and screening in blood banks, which will contribute to global efforts to eliminate malaria.

RESUMEN Objetivo. Evaluar herramientas moleculares para detectar bajos niveles de parasitemia y las cinco especies de Plasmodium que infectan a los seres humanos, a fin de emplearlas en los programas de control y eliminación y en los laboratorios de referencia. Métodos. Se evaluaron 145 muestras de sangre de pacientes positivos por reacción en cadena de la polimerasa anidada (nPCR), de individuos asintomáticos y de muestras del Programa Mundial de Malaria de la Organización Mundial de la Salud/Servicio Nacional de Evaluación Externa de Calidad del Reino Unido. Las muestras se analizaron con el kit de PCR RealStar® Malaria 1.0 (alt-Gen; altona Diagnostics), específico para cada género, y con el kit de PCR RealStar® Malaria Screen & Type (alt-S&T; altona Diagnostics). Se compararon los resultados de las pruebas moleculares con los de la PCR cuantitativa (qPCR), la nPCR y el frotis de gota gruesa. Resultados. Los niveles de parasitemia oscilaron entre 1 y 518 000 parásitos/µl, según la especie. En comparación con la nPCR, la prueba alt-S&T tuvo una sensibilidad del 100%, excepto para la identificación de P. falciparum, para el cual la sensibilidad fue del 93,94%. Todas las muestras positivas por alt-Gen lo fueron también por nPCR. Al comparar alt-Gen con la qPCR, la sensibilidad fue del 100% para P. vivax, P. malariae y P. falciparum. Para todas las especies de Plasmodium, la correlación entre los valores del umbral de ciclo de alt-S&T y alt-Gen en comparación con la qPCR fue significativa (P < 0,0001, prueba de Spearman), con r = 0,8621 para alt-S&T y r = 0,9371 para alt-Gen. Cuando se consideraron todas las especies de Plasmodium hubo una correlación negativa entre el nivel de parasitemia y los valores de umbral de ciclo de PCR en tiempo real (P < 0,0001). En este estudio, solo 2 de las 28 muestras de individuos asintomáticos fueron positivas por frotis de gota gruesa; sin embargo, las 28 muestras fueron positivas por alt-S&T. Conclusiones. Los ensayos alt-Gen y alt-S&T son adecuados para detectar infecciones submicroscópicas con distintos fines epidemiológicos, como su uso en investigaciones y laboratorios de referencia y el cribado en bancos de sangre, lo que contribuirá a los esfuerzos mundiales para eliminar la malaria.

RESUMO Objectivo. Avaliar ferramentas moleculares para detectar parasitemia de baixo nível e as cinco espécies de Plasmodium que infectam humanos, para utilização em programas de controlo e eliminação e em laboratórios de referência. Métodos. Avaliámos 145 amostras de sangue de doentes que testaram positivo por reacção em cadeia da polimerase aninhada (nPCR), de indivíduos assintomáticos, e do Programa Global de Paludismo da Organização Mundial de Saúde/Serviço Nacional de Avaliação da Qualidade Externa do Reino Unido. As amostras foram ensaiadas utilizando o RealStar® Malaria PCR Kit 1.0 (alt-Gen; altona Diagnostics) e o RealStar® Malaria Screen & Type PCR Kit (alt-S&T; altona Diagnostics). Os resultados dos testes moleculares foram comparados com os resultados da PCR quantitativa (qPCR), nPCR e exame da gota espessa. Resultados. Os níveis de parasitemia variaram de 1 a 518 000 parasitas/µL, dependendo da espécie. Em comparação com a nPCR, alt-S&T tinha uma sensibilidade de 100%, excepto na identificação de P. falciparum, para a qual a sensibilidade era de 93,94%. Todas as amostras positivas por alt-Gen foram também positivas por nPCR. Ao comparar alt-Gen com qPCR, a sensibilidade foi de 100% para P. vivax, P. malariae e P. falciparum. Para todas as espécies Plasmodium, a correlação entre os valores limiares de ciclo de alt-S&T e alt-Gen comparados com qPCR foi significativa (P < 0,0001, teste de Spearman), com r = 0,8621 para alt-S&T e r = 0,9371 para alt-Gen. Quando todas as espécies de Plasmodium foram consideradas, houve uma correlação negativa entre o nível de parasitemia e os valores limiares do ciclo de PCR em tempo real (P < 0,0001). Neste estudo, apenas 2 de 28 amostras de indivíduos assintomáticos foram positivas por exame da gota espessa; no entanto, todas estas 28 amostras foram positivas por alt-S&T. Conclusões. Os ensaios alt-Gen e alt-S&T são adequados para a detecção de infecções submicroscópicas para fins epidemiológicos distintos, tais como para utilização em inquéritos e laboratórios de referência e o rastreio em bancos de sangue, o que contribuirá para os esforços globais de eliminação da malária.

Espécies de Candida causadoras de vulvovaginites e resistência aos antifúngicos utilizados no tratamento / Candida species cause vulvovaginitis and resistance to antifungals used for treatment

Neste estudo foram identificadas espécies de Candida em isolados de secreção vaginal, avaliados os perfis de suscetibilidade in vitro a antifúngicos e correlacionados com os antifúngicos prescritos para pacientes em um serviço de atenção primária. A identificação das espécies pela Reação em Cadeia da Polimerase mostrou que 36,5% dos isolados foram caracterizados como espécie não-C.albicans. Nos testes de sensibilidade a maioria dos isolados foi suscetível a cetoconazol, fluconazol e itraconazol, contudo cerca de 40% e 50% apresentaram resistência ou sensibilidade dose-dependente a miconazol e nistatina, respectivamente. A análise dos fármacos prescritos para as pacientes revelou que 34,2% dos isolados foram considerados resistentes aos agentes utilizados no tratamento. Diversas espécies de Candida podem causar vulvovaginite com variados perfis de suscetibilidade aos antifúngicos comumente utilizados no tratamento. A identificação das espécies de Candida é relevante para o gerenciamento epidemiológico das infecções, além de ser útil, assim como os testes de suscetibilidade, na escolha do tratamento farmacológico mais eficaz para a paciente.

In this study were identified Candida species from vaginal secretion isolates, evaluated their in vitro antifungal susceptibilities, and correlated these features with antifungal agents prescribed for patients assisted in a primary care service. Species identification by Polymerase Chain Reaction showed that 36.5% of isolates were characterized as non-C. albicans species. In antifungal susceptibility tests most isolates were susceptible to ketoconazole, fluconazole, and itraconazole, although between 40% and 50% of isolates show resistance or dose-dependent susceptibility to miconazole and nystatin, respectively. Analysis of drugs prescribed to patients revealed that 34.2% of the isolates were considered resistant to agents used in treatment. Several Candida species can cause vulvovaginitis and exhibit different susceptibility profiles to antifungal drugs used in treatment. The identification of Candida species is relevant and useful to the epidemiological management of infections. The antifungal susceptibility test may also be useful for choosing most effective drug treatment for each patient.

Genotypical characterization of thermotolerant coliforms isolated from food produced by a Solidarity Economic Venture of Bahia (Brazil) / Caracterização genotípica de coliformes termotolerantes isolados de alimentos produzidos por um Empreendimento Econômico Solidário

Abstract Many Solidarity Economic Venture (SEV) are family farmers who seek to add value to production through artisanal processing, which can lead to food contamination. Thus, this study aimed to genotypically characterize thermotolerant coliforms (TtC) strains from food produced by local agribusinesses of SEV during January to April 2019. Samples from thirteen production units (PU) from the SEV were submitted to a microbiological analysis of thermotolerant coliforms (AFNOR 3M1/2 - 09/89), using a fast count method in Petrifilm™ dishes. The Polymerase Chain Reaction (PCR) technique was used to verify the following virulence genes (VGs) associated with Escherichia coli: stx, typical from enterohemorrhagic E. coli (EHEC); bfpA typical from entheropathogenic E. coli (EPEC) and elt and slt, typical from entherotoxigenic E. coli (ETEC). The results showed that two samples of queijadinha (typical Brazilian candy made with eggs and coconut) and one sample of cassava cake presented characteristic colonies TtC. This way, three strains were isolated in order to perform the PCR technique. However, the genes used in the reaction were not detected in the isolated strains. Therefore, it is suggested that the isolated strains are from E. coli pathotypes with different virulence genes than the ones analyzed belong other types of TtC, such as Enterobacter and Klebsiella. Although the virulence of genes has not been confirmed, the presence of TtC on food indicates hygiene flaws during production and, therefore, measurements to control and prevent contamination should be taken.

Resumo Muitos Empreendimentos Econômicos Solidários (EES) são formados por agricultores familiares que buscam agregar valor à produção por meio do beneficiamento artesanal, que pode ocasionar a contaminação dos alimentos. Desta forma, este estudo objetivou caracterizar genotipicamente coliformes termotolerantes (CT) isolados em alimentos produzidos por agroindústrias de um EES no período de janeiro a abril de 2019. Então, foi realizada análise microbiológica de coliformes termotolerantes (AFNOR 3M1/2 - 09/89), utilizando um método contagem de contagem rápida em placas Petrifilm™, em amostras de alimentos de treze Unidades de Produção (UP) do EES. Foram coletadas assepticamente cinco amostras de cada UP, totalizando 65 amostras. Utilizou-se a técnica de Reação em Cadeia de Polimerase (PCR) para verificação dos seguintes genes de virulência de Escherichia coli: stx, característico de E. coli enterohemorrágica (EHEC), bfpA, característico de E. coli enteropatogênica (EPEC) e elt e stI, característicos de E. coli enterotoxigênica (ETEC). Os resultados demonstraram que duas amostras de queijadinha e uma amostra do bolo de aipim apresentaram colônias características de coliformes termotolerantes. Desta forma, foram isoladas três cepas para a realização da PCR, no entanto os genes utilizados nas reações não foram identificados nas cepas isoladas. Portanto, sugere-se que as cepas isoladas sejam de patótipos de E. coli com genes de virulência diferentes dos analisados ou de outro membro dos CT, como Enterobacter e Klebsiella. Apesar de não serem confirmados os genes de virulência analisados, a detecção dos CT nos alimentos indica falhas na higiene durante a produção, portanto medidas para controlar e prevenir a contaminação dos produtos devem ser tomadas.

Prevalence of autosomal dominant polycystic kidney disease in Persian and Persian-related cats in Brazil / Prevalência da doença renal policística autossômica dominante em gatos Persas e raças relacionadas no Brasil

Autosomal dominant polycystic kidney disease (ADPKD) is the most common genetic disease in cats. However, scarce data on its prevalence are available in Brazil. Persian cats and Persian-related breeds were assessed by molecular genotyping for a C to A transversion in exon 29 of PKD1 gene to determine ADPKD prevalence in a Brazilian population. Genomic DNA extracted from peripheral whole blood or oral swabs samples was used to amplify exon 29 of PKD1 gene employing a PCR-RFLP methodology. From a total of 616 animals, 27/537 Persian and 1/17 Himalayan cats showed the single-nucleotide variant (C to A) at position 3284 in exon 29 of feline PKD1. This pathogenic variation has been identified only in heterozygous state. The prevalence of ADPKD in Persian cats and Persian-related breeds was 5.03% and 1.6%, respectively. There was no significant association between feline breed, gender or age with ADPKD prevalence. Of note, the observed ADPKD prevalence in Persian cats and Persian-related breeds in Brazil was lower than the ones reported in other parts of the world. This finding may be related to genetic counseling and consequent selection of ADPKD-free cats for reproduction.

A doença renal policística autossômica dominante (DRPAD) é a doença genética mais comum em gatos. No entanto, poucos dados sobre sua prevalência estão disponíveis no Brasil. Gatos Persas e de raças relacionadas foram avaliados por genotipagem molecular para a transversão C→A no exon 29 do gene PKD1 felino para determinar a prevalência de DRPAD. DNA genômico extraído de sangue total periférico ou amostras de swabs orais foram utilizados para amplificar o exon 29 do gene PKD1 pela técnica de PCR-RFLP. De um total de 616 gatos, 27/537 Persas e 1/17 Himalaia mostraram a variante de nucleotídeo único (C→A) na posição 3284 no exon 29 do gene PKD1. Esta variante patogênica foi identificada apenas em heterozigose. A prevalência de DRPAD em gatos Persas e raças relacionadas foram de 5,03% e 1,6%, respectivamente. Não houve associações significativas entre raça, gênero ou idade dos felinos e incidência de DRPAD. A prevalência de DRPAD em gatos Persas e raças relacionadas no Brasil foi menor do que em outras partes do mundo, o que pode estar relacionado ao aconselhamento genético e consequente seleção de gatos sem ADPKD para reprodução.

Molecular Evidence of Rickettsia felis in Phereoeca sp / Evidência Molecular de Rickettsia felis em Phereoeca sp

Abstract Rickettsia felis is an obligate intracellular bacterium capable of infecting ticks, fleas, lice, and other arthropods. This bacterium is classified as a member of the Transitional Group (TRG) Rickettsia. It is known the evidence of R. felis mutualistic and obligatory relationship with some eukaryote organisms. However, there aren't scientific accounts of R. felis and moths of the order Lepidoptera association. The current work reports the first identification of the bacteria R. felis in Phereoeca sp. For that, a polymerase chain reaction (PCR) assay using gltA, ompA, and ompB genes was used. The nucleotide sequences showed 100% of identity with other Rickettsia felis sequences. The genus-level identification of the moth larvae was performed by morphological taxonomic keys and PCR analysis of the cytochrome oxidase I (COI) gene. The nucleotide sequenced showed 94.94% similarity with the species Phereoeca praecox. However, with the low number of sequences deposited in the databases, the species was classified as Phereoeca sp. The results suggest that R. felis may develop in an organism without blood-feeding behavior (Lepidoptera), as it has been demonstrated for booklice (Psocoptera). Further investigation is necessary in order to confirm pathogenic or mutualistic association with moths.

Resumo Rickettsia felis é uma bactéria intracelular obrigatória capaz de infectar carrapatos, pulgas, piolhos e outros artrópodes. Essa bactéria é classificada como um membro do Grupo de Transição (TRG). Há evidência de que R. felis está relacionada a alguns organismos eucariotos em um relacionamento mutualístico e obrigatório. No entanto, nenhum relato científico mostra alguma relação entre R. felis e traças da ordem Lepidoptera. O presente trabalho relata a primeira identificação da bactéria R. felis em Phereoeca sp. Para isso, empregou-se um ensaio de reação em cadeia da polimerase (PCR) utilizando-se os genes gltA, ompA e ompB. As sequências nucleotídicas mostraram 100% de identidade com outras sequências de Rickettsia felis. Utilizando-se chaves taxonômicas morfológicas e análise por PCR do gene da citocromo oxidase I (COI) foi feita a identificação em nível de espécie da forma jovem das traças. O nucleotídeo sequenciado mostrou 94,94% de similaridade com a espécie Phereoeca praecox. Entretanto, com o baixo número de sequências depositadas nos bancos de dados, a espécie foi classificada como Phereoeca sp. Os resultados sugerem que R. felis pode se desenvolver em um organismo sem alimentação de sangue (Lepidoptera), assim como tem sido demonstrado para a espécie Liposcelis bostrychophila (Psocoptera). Mais investigações são necessárias para confirmar uma possível associação patogênica ou mutualística com traças.

Chest computed tomography in the diagnosis of COVID-19 in patients with false negative RT-PCR / Tomografia computadorizada de tórax no diagnóstico de COVID-19 em pacientes com resultado falso-negativo na RT-PCR

ABSTRACT Objective To evaluate the role of chest computed tomography in patients with COVID-19 who presented initial negative result in reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR). Methods A single-center, retrospective study that evaluated 39 patients with negative RT-PCR for COVID-19, who underwent chest computed tomography and had a final clinical or serological diagnosis of COVID-19. The visual tomographic classification was evaluated according to the Consensus of the Radiological Society of North America and software developed with artificial intelligence for automatic detection of findings and chance estimation of COVID-19. Results In the visual tomographic analysis, only one of them (3%) presented computed tomography classified as negative, 69% were classified as typical and 28% as indeterminate. In the evaluation using the software, only four (about 10%) had a probability of COVID-19 <25%. Conclusion Computed tomography can play an important role in management of suspected cases of COVID-19 with initial negative results in RT-PCR, especially considering those patients outside the ideal window for sample collection for RT-PCR.

RESUMO Objetivo Avaliar o papel da tomografia computadorizada de tórax em pacientes com COVID-19 que apresentaram reação em cadeia da polimerase via transcriptase reversa (RT-PCR) inicial falsamente negativa. Métodos Estudo retrospectivo de centro único que avaliou 39 pacientes com RT-PCR negativa para COVID-19, submetidos à tomografia computadorizada de tórax e que tiveram diagnóstico final clínico ou serológico de COVID-19. A classificação tomográfica visual foi avaliada de acordo com o Consenso da Radiological Society of North America e o software desenvolvido com inteligência artificial para detecção automática de achados e estimativa de probabilidade de COVID-19. Resultados Na análise tomográfica visual, somente um deles (3%) apresentou tomografia computadorizada classificada como tendo resultado negativo, 69% foram classificados como típicos e 28% como indeterminados. Na avaliação com uso de software, somente quatro (cerca de 10%) tiveram probabilidade de COVID-19 <25%. Conclusão A tomografia computadorizada pode desempenhar papel importante no manejo de casos suspeitos de COVID-19 com RT-PCR inicialmente negativa, principalmente levando-se em consideração os pacientes que estão fora da janela ideal para coleta de amostra para RT-PCR.